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 臭氧以其特有的氣味而得名，它是一種氣體強氧化劑，具有殺菌力強，不產生任何殘留污染，可直接對食用菌物料，接菌工具，接菌，菌房培養，大棚催芽使用的優點。作為一種廣譜高效殺菌劑，其殺菌速度較氯快300-600倍，可以快速殺滅各種細菌繁殖體和芽孢，病毒和真菌，如；寄生性真菌病害：有褐腐病、褐斑病、軟腐病、褶霉病、枯萎病、淺紅酵母病等。競爭性真菌病害：毛霉，根霉，曲霉，青霉，鏈孢霉，綠霉。特別是對黑木耳栽培菌制菌期危害最為嚴重的“紅色脈孢霉（Neurosporspp）”殺菌效果極佳。在傳統殺菌藥物中如；甲醛 又名福爾馬林，高錳酸鉀 俗名灰錳氧，酒精 化學名稱乙醇，多菌靈 又稱棉萎靈，氣霧消毒盒 商品為灰色粉劑，新潔爾滅 陽離子型表面活性殺菌劑，升汞 重金屬鹽型殺菌劑，碘福 廣譜性殺菌劑，百菌清 有機氯保護性廣譜殺菌劑，硫磺 保護性殺菌劑和殺螨劑。殺菌不徹底有死角，藥物殘留大可造成二次污染，對人有傷害，多年用的菌房內各種細菌形成了對藥物的抗性不易殺死。隨著人們對化學消毒劑在制菌中對生產人員造成的傷害和化學消毒劑殘留造成黑木耳污染的重視。臭氧將成為食用菌行業的新興消毒劑得到迅速的推廣和使用。

盡管在我國的藥品生產GMP驗證中早已推薦了臭氧滅菌方法，但臭氧在食用菌生產和黑木耳深加工的應用中是在近兩年才得到一個蓬發展的機會。使用成功的主要有以下幾個方面；
一，食用菌培養室與制菌工具的消毒滅菌
在食用菌廠，臭氧氣體用于食用菌培養室，接菌室食用菌培養室，接菌室與制菌工具與制菌工具消毒是非常方便，有效的傳統的消毒方法是用甲醛，硫磺等化學試劑熏蒸，眾所周知，甲醛，硫磺熏蒸的弊病較多，國外近期研究證明，在控制空氣微生物方面，臭氧是甲醛和其它化學熏劑的替代物。通過化學霧化，紫外線與臭氧作消毒劑的對照試驗，結論是臭氧既有效又無殘留，臭氧“大大抑制” 食用菌培養室，接菌室與制菌工具中各種細菌群體的生長。
其方法是；（1）將臭氧發生器直接放在食用菌培養室，接菌室入門口上方或放在離地面2m-2.5m的地方加以固定，對潔凈區進行消毒滅菌（2）大的食用菌廠可以將臭氧發生器放在食用菌培養室，接菌室的外面，通過管道將臭氧打入各輸入口中，然后被送入各潔凈區，或采用臺式自帶風機臭氧發生器，多點設計將臭氧散布在潔凈區內，統稱為外置式臭氧發生器，外置式臭氧發生器安裝檢修方便。（3）采用臭氧發生器連接導氣管和曝氣系統，在食用菌培養室，接菌室，黑木耳深加工廠頂部布設曝氣管網，將臭氧送入潔凈區。特別是在食用菌生產前把各菌房用臭氧提前殺菌消毒。幾種方法消毒效果都是一樣的。從使用臭氧進行滅菌的食用菌廠的檢測報告可看到，菌檢全部合格，完全替代了令人頭痛的甲醛，硫磺熏蒸大消毒同時，能耗減少，人身健康，取得了滿意效果。
現在市場上臭氧產品五花八門，質量不一，主要是有家用小型，食品廠型，沒有專用于食用菌木耳和蘑菇的專用臭氧設備。公司專門為此設計的HY-017系列產品，能迅速將臭氧傳送到空間的各個地方，電腦定時控制，無死角，可達到百級潔凈度。
二，空間的消毒滅菌
（1） 食用菌培養室，接菌室，操作室，工作室，催芽棚，木耳，蘑菇、香菇、平菇載培大棚，黑木耳，蘑菇深加工車間包裝車間。利用臭氧消毒殺菌效果極佳。同時可去除各類雜菌和異味污染，保證商檢出口質量。按照衛生部消毒技術規范要求，對空間消毒的臭氧濃度是10ppm,即20mg/m3濃度的臭氧，作用40min,對自然菌殺滅率達到98%以上。一般（0.5—1.0×10-6臭氧即可達到90%以上的空氣殺菌率。在150m3的培養室內，臭氧消毒2h（臭氧濃度4×10-6=左右=0.000004）前后對照數據；
空氣中細菌總數（個/m3）         消毒前/消毒后
食用菌培養室                     1325 / 00
接    菌  室                     1208 / 00
催 芽 大 棚                      2360 /26
深加工包裝間                     1587 / 00 
車間滅菌臭氧消毒機廠家根據空間大小，擺放菌代多少設定消毒時間，消毒結束便自動關機，使用方便。按房間空間體積的大小選型使用。只要滿足臭氧濃度的要求，必需是食用菌專用的高純臭氧發生器。就可以達到消毒殺菌目的，其它類型無效。
（2）物體的表面消毒滅菌在食用菌生產過程中，常常要對原材料，工具器材，包裝物，生產場所等進行體表面消毒。特別是要對調好的培養基在臭氧消毒下進行多次翻動攤開消毒。在高壓滅菌時效果更好，高壓滅菌后的菌代口極易感染雜菌這時做表面殺菌非常重要。傳統的方法是用紫外線消毒，但消毒不徹底，存在消毒死角，衰減快，對于特定環境中的某些細菌無法殺死等種種弊端。按照衛生部消毒技術規范要求，用臭氧氣體對物體表面上污染的微生物的殺滅，一般要求30ppm,即60mg/m3，相對濕度≥70%，作用60min-120min可達到消毒效果。
接菌消毒在準備接菌前開啟臭氧機50min，回復30min接菌人員進入接菌室把臭氧機調至低濃度0.1-0.2PPm可進行在無菌下接菌。但事實上，潔凈區消毒不僅是對空氣的消毒，實際上還包括了對物體表面的消毒所以，高純度臭氧發生器食用菌專用（其它臭氧機達不到）設計時的濃度一般大于10PPm。菌代剛上架消毒在2h，以后每天40min,就可以保證一天內潔凈區內的浮游菌和沉降菌達到SSOP的要求。為黑色木耳，綠色品質，科學消毒。