一、原料挑選
種植雞腿菇所用的玉米秸稈，不是什么樣的都可以用，所以要進行細致挑選。
首先，玉米秸稈不能隔年過夏。也就是去年秋天新鮮的秸稈，只能在今年春天使用。不能過夏，就是怕受到夏天的雨淋，容易發生腐爛變質，一是會造成秸稈所含營養的流失，二是腐爛變質就一定攜帶了霉菌等雜菌，如果使用，會威脅種植安全。
其次，就是要挑出在去年秋天到今年春天，因保存不善出現腐爛、發霉、變質的秸稈，原因也是避免雜菌在種植過程出現。選用已經干透、幾乎完全失去水分的秸稈，經過風吹、日曬的洗禮，不利于雜菌存在。
所以，挑選的目的就在于保證種植使用的是營養含量沒有損失且明顯不帶有雜菌的玉米秸稈。
二、浸泡
玉米秸稈的浸泡要整捆的進行，這樣容易搬運、挪動。浸泡需要制作簡易的浸泡池。浸泡池的深淺、大小按所使用的秸稈數量而定，一般簡易的挖下1米左右，寬2~3米，鋪上塑料布，防止滲水就可以。
浸泡時，先把浸泡池內灌入濃度3%的生石灰水，水位一般在浸泡池的1/2左右，不灌滿的原因是要考慮到玉米秸稈放入后，會提高水位，避免水位升高流出浸泡池。實際浸泡中，玉米秸稈放進浸泡池后，要用重物壓住，重物可以是粗木桿，也可以是重量大些的石塊，因地制宜，只要秸稈不被水浮起就好。如水量不夠，可再另行加注石灰水，直至生石灰水沒過秸稈就可。
秸稈的浸泡時間沒有確定的時長，以浸透為標準。正常情況下，在24~48小時之間就能泡透。是否泡透的檢驗方法是從最上部抽取一支秸稈，從中間剪斷，從截面觀察，較堅硬的外皮已明顯含有水分，不容易折斷，內部柔軟部分，手捏有水滲出，即可視為泡透。
浸泡處理，一個是為了使干透的的秸稈充滿水分，相當于預濕，另一個是軟化秸稈堅硬的外皮，最重要的是利用生石灰水沙面秸稈內外的雜菌。
三、瀝水
玉米秸稈泡透后就要撈出，堆成一堆或幾堆進行瀝水處理，使玉米秸稈中多余的水分得以瀝出。瀝水過程中要注意檢測秸稈之中的水分含量，當秸稈中的水分含量在60~65%之間時，就可以進行下一步的粉碎處理。
四、粉碎揉搓
玉米秸稈的粉碎需要抓住時機，就是在秸稈中的水分含量在60~65%之間進行，最低不能低于50%。這樣的含水量在粉碎過程中，由于秸稈的搬動和粉碎機械的運轉，又會使秸稈中的部分水分流失。之所以盡量不讓秸稈的含水量降低，是因為秸稈的外皮部分密度較大，同時外皮的外表還包有蠟質物，一旦浸泡效果稍差，再次進入水分很難。用生石灰水較長時間浸泡，其實就是要軟化蠟質包裹部分。另外，水分充足情況下進行粉碎，也不利于灰塵過大，有利于作業人員的操作和健康。
粉碎玉米秸稈，最好用帶有揉搓功能的粉碎機。玉米秸稈的粉碎粒度一般在1~2厘米之間最好，過大，不容易發酵成熟，要發酵成熟，所用的時間會拉長；過小，粉碎效率低，在原料發酵過程中，秸稈內部柔軟部分和外皮堅韌部分發酵成熟時間不一致，不利于發酵管理。通過粉碎機的揉搓，能使秸稈變的更柔軟，更利于發酵。
五、發酵
秸稈粉碎完畢后，就要對其進行發酵處理。
發酵時，要把所有粉碎的秸稈堆成一堆，如場地較小，可堆成幾堆，可任意寬，高度不限，只要利于人員操作就可。建堆完畢后要測量水分，如水分低于50%，要加水，使料堆的含水量達到50~55%，然后用塑料布蓋嚴，料堆溫度在45~50℃之間時翻堆。進行兩次翻堆后，發酵即可停止，準備進入下一次全部培養料發酵。
這次發酵，只是要再一次的對玉米秸稈進行軟化，同時補充在粉碎過程中失去的水分，利于下一次培養料原料整體發酵，與其它培養料原料保持發酵成熟的時間，保持一致。
六、第二次發酵
用玉米秸稈種植雞腿菇，其所用培養料原料不是只有玉米秸稈一種。玉米秸稈只是主料，還要添加麥麩、米糠、玉米面，豆餅粉、牛糞干或者適量棉籽殼，選用哪幾種作為輔料，根據種植者實際決定，但必須要保證原料的質量。最后必須使培養料的碳氮比達到30~34:1。
培養料混合中，要保證攪拌均勻，最后把所有培養料進行建堆、悶堆，進入雞腿菇培養料常規發酵步驟，再經過鋪畦、養菌、出菇等步驟，最后完成雞腿菇種植過程。
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