1.防止菌種混雜，保證菌種的純培養
要保持優良菌種遺傳足夠的穩定性，應加強品種隔離，在菌種轉管工作中盡量防止和減少品種間的混雜，保證菌種的純培養；不用被雜菌污染的菌種，不要近距離相連接培養菌種，不要用同一食用菌種類的不同菌株混合。
2.控制菌種傳代次數，保證菌種活力
微生物都存在自發突變，而這種突變是在繁殖過程中發生或表現出來的，應盡量減少菌種傳代次數，避免不必要的移種和傳代，一方面可以減少機械損傷，保證菌種活力，另一方面可以減少菌種自發突變的概率，降低菌種發生衰退的機會。菌種傳代次數越多，繁殖越頻繁，產生突變的概率就越高，生產中菌種的移接代數不能超過5代，應嚴格控制，避免病毒雜菌或雜菌污染。及時淘汰病毒粒子含量大、受到嚴重影響的菌絲體及子實體。
3.做好菌種保藏，延緩菌種退化速度
有效的菌種保藏方法能確保菌種長期保持原有優良性狀，延緩、遏制菌種老化和變異的速度。適當低溫保存菌種有利于保存菌絲體的活力，高溫型菌種在16℃下保存，低溫型菌種在4℃保存。應采取短期、中期和長期三者相結合的方式保存菌種。根據不同的要求，低溫保藏期間菌種應每隔2到3個月移接一次。
4.創造合適的生活環境，促進菌種健壯生長
菌種的生長繁殖是否良好受外界條件（物理、化學和生物變化）等影響較大。條件適宜，菌種生長良好，條件不適宜，則會引起菌種的退化。要給菌種創造生長的良好生活環境和營養條件，適宜的菌種培養基能使菌種生長健壯，營養過于豐富和不足對菌種生長均不利；適當調整、更換培養基，對因營養基質不適而衰退的菌種，有一定的復壯作用；在高溫夏季，給培養基加入適量的維生素E有延緩細胞衰老作用。
5.定期分離菌種，保持菌種優良性狀
生產上無性繁殖可保持菌種的優良性狀，而反復進行無性繁殖會使菌種的優良性狀不斷衰退；有性繁殖所產生的孢子具有豐富的遺傳特性，以組織分離（無性繁殖）來鞏固優良菌株的遺傳特性，以孢子分離（有性繁殖）來發現優良菌株，將有性繁殖和無性繁殖有計劃的交替使用，定期進行菌種分離，可使衰退品種得到恢復，是防止菌種衰退的有效方法。孢子分離3年進行一次，組織分離最好每年進行一次。新分離的菌種必須符合要求才能用于生產。
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