主要通過肉眼觀察菌絲的生長情況和用鼻聞菌種的氣味等方式來鑒定區別菌種。一般優良的菌種應具有種性純、菌絲健壯、分枝濃密、生長整齊、色澤濃白、無雜菌感染、無老化現象，同時具有香菇菌絲的的清香味。
1.看菌種顏色：首先看未長滿的菌絲的生長邊緣顏色均勻一致，沒有雜菌侵染現象；再看長滿菌絲的袋或瓶的表面顏色均勻一致，沒有象云團樣的雜菌混合菌團；如果直觀看到的菌絲比較細弱，菌絲走過，明顯看到培養料未被菌絲包圍或覆蓋，說明 培養料營養不良，此類菌絲活性較差，接種后容易擴散雜菌或污染雜菌。
接種期間，如果發現白色菌塊中有灰色、黃色、綠色等比較明顯的異色菌塊，說明菌種培養過程中有雜菌感染現象，此類菌種應停止使用，防止含雜菌的菌種擴散。此類菌種大多由小型個體戶生產，采用“大室接種”制種、或培養料中摻加雜菌原料而滅菌不徹底、為防止雜菌擴散，而采取偏低溫度培養，都極易發生這種現象。
在低溫培養條件下，黑曲霉菌絲被香菇菌絲覆蓋后變成淺灰色，黃曲霉菌絲被覆蓋后變成淡黃色，木霉、青霉菌絲被覆蓋后變成淡綠色。瓶裝菌種可以看到比較清晰的雜菌被覆蓋后的菌團外環輪廓線；用聚乙烯塑料袋生產的菌種，從顏色上不容易分辨出是否包含有雜菌，尤其是長毛菌被香菇菌絲覆蓋后的顏色變得格外潔白鮮亮，更不容易被發現。
春栽香菇采用的是中低溫品種，菌絲體在5-25℃條件下均可以生長，而接種過程消毒不好、或滅菌不徹底、或“開放式接種”，形成含帶大量隱性雜菌的菌種。在低溫環境中培養，上述各種雜菌菌絲，就會被香菇菌絲覆蓋，而不容易被分辨和挑選。因此，母種和原種全部選用透明度較高的玻璃瓶生產，有利于挑選雜菌，培養純菌種。
2.看菌絲形態：吃料邊緣整齊、菌絲潔白、濃密粗壯、生長旺盛，說明培養基原料營養豐富，菌絲具有較強的生命力。如果菌絲生長稀疏，說明培養料中具有不適宜條件，例如培養料配方不適宜、營養不良、拌料不均勻、雜菌干擾、PH值不適等現象；如果菌絲停止生長，并有明顯的邊沿線或拮抗線，說明培養原料已被雜菌嚴重污染。
3.聞菌種氣味：瓶式或塑料袋式生產的純香菇菌種，均可以聞到菌絲體散發出來的一種微甜而清香的菇香味。如果培養環境中含有大量的雜菌，生產的香菇菌種就沒有上述氣味，反而是各種雜菌所產生的霉變氣味；如果是發甜且令人發嘔的味道，則說明有鏈孢霉的發生。這是鑒別菌種培養環境是否達到“無菌化”，無雜菌干擾培養純菌種，既簡單又直接的方法。如果聞到微酸的氣味，說明菌種培養基已經酸化，菌種成偏酸性，PH值低于5.5，可能影響菌種萌發效果，甚至不會萌發。
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