一、主要危害癥狀及其原因
1.畸形菇：菇棚內新鮮空氣比例不達標，子實體出現畸形，如平菇的“長腿菇”、不開片，香菇的“長柄菇”、“黑面菇”等等。基本原因就是本階段的陰雨雪霧天氣中氣溫穩定、風流很小甚至沒有風流，通風不良導致菇棚內的換氣嚴重不足，二氧化碳等廢氣積聚。
2.細菌性病害：菌蓋表面有褐色斑點；越來越多的菇蕾無法分化，多呈萎蔫狀，手感表面黏糊糊的；幼菇的菌蓋發黃，繼之死亡，其菌柄是軟的，逐漸倒伏，手感黏糊糊；起初菌蓋表面呈現亮色，似乎剛剛噴過水，亮晶晶的，后期發黃變暗死亡；出菇面的基料表面逐漸變暗，亦呈黏糊糊狀；菇棚中氣味臭不可聞，令人頭疼；中上旬采收的料面，幾無再現蕾跡象。究其原因，主要就是生料或發酵料本身就帶有大量病原菌，遇到溫度合適的連續陰雨天氣和通風很差的環境就會繁殖發展，形成危害。
3.真菌性病害：綠霉呈多發性發生，尤其半地下結構的出菇場所，出菇菌袋幾乎在一周左右變為“綠頭”；菌蓋呈現褐色或黃褐色色塊，呈不規則狀，繼之擴大，至成熟時蔓延至整個菌蓋甚至整株子實體；個別地方還發生了塊菌等子囊菌病害。發生的原因主要是陰雨連綿的天氣，菇棚的溫度不低，但通風不好，加之空氣濕度偏高的大環境，所以此時不可噴藥，否則將會加重潮濕，給病原造成了可乘之機。
4.蟲害主要是菇蚊菇蠅類幼蟲危害和線蟲類危害，其余的還有鼠婦等。發生的原因主要有二：第一，集中在生料或發酵料播種階段，隨基料進入；第二，發菌和出菇階段預防工作不到位（這是通病），使成蟲進棚，然后進料產卵。
二、應對措施
1.升溫或降溫：根據外界氣溫，采取相應的措施進行升溫或降溫，目的是使溫度較為適合子實體生長，而不利于病原菌發展。該項措施的實施可以根據自身條件進行設置，比如暖風爐升溫，升溫效果是一方面，如果不需要升溫時可以直接單獨使用吹風裝置，可以達到通風的目的；最佳方案就是安裝控溫風機，菇棚溫度升降自如的同時，不但可以保證控溫的絕對效果，而且兼有稀釋棚內廢氣的作用。
2.加強通風：主要措施有安裝雙向排氣扇，或使用大型風機抽排風，目的是使菇棚內的空氣流動，最大限度地減少廢氣濃度。
3.降低濕度：主要措施有放置吸濕物質如生石灰、生熟石灰粉、木炭等。但是，使用石灰類物質時，應同時加強通風；此外，有條件的最好安裝排濕設備，調控自如，并能保證效果。
4.防治病害：在上述三項措施的基礎上，對發生病害的子實體予以摘除，并順手破壞料面。對真菌性病害，首先噴施200倍賽百溶液予以殺滅，相隔2天左右再噴施300倍百病傻溶液予以預防病害再度發生；對細菌性病害，噴施噴施300倍賽百溶液予以殺滅，相隔2天左右再噴施400倍百病傻溶液予以預防；菇棚內每隔5～7天噴灑一遍300倍賽百和400倍百病傻溶液予以預防病害，效果理想。注意要點：兩種藥物交替噴灑，絕對不可混合使用。
5.防治害蟲：對菇蚊菇蠅類成蟲，噴施1000倍氯氰菊酯溶液即可一次性全部殺滅，對其幼蟲，則可用塑膜將菌袋覆蓋后，按每噸干料10片磷化鋁的用量用藥，予以一次性殺滅，不留后患；對成堆成團的紅色線蟲類害蟲，可配兌8%左右的食鹽溶液，對準害蟲噴灑，次日即可死亡。注意要點有二：首先，要選用普通食鹽，一些低鈉鹽達不到理想的殺蟲效果；其次，盡量使用溫水，以便于更快滲入害蟲的體內。次生危害的應對措施：所謂次生危害，是指該階段持續的陰雨雪霧天氣造成第一次危害之后，或者雨過天晴、或者強風吹來驅散霧霾，總之，必然是高寒、干冷的氣候條件，菌袋以及幼菇經過了陰雨雪霧的“暖濕”條件之后，突然改變環境，必將隨之發生一系列不可逆轉的新問題或危害，這就是次生危害；其基本結果是：幼菇無法正常生長，生出大量畸形菇，部分幼菇不適應新的環境而致死亡，菌袋出菇面因很快失水而無法正常現蕾等等。
基本應對措施：
1.盡早備好升溫設備或器具，并保障相關物資的供應；比如，使用控溫風機的，應檢修好電路，并備足燃料等。
2.檢查并修整菇棚覆蓋物，并予再次檢查固定，以防隨后的強風造成損失。
3.菇棚中最好修建小水池以備保濕用水的數量及其溫度；采用較大的水缸更為方便。
4.檢修相關通風設備以及電線等，為預防“暖冬”提前做好準備。
5.備足三維精素（噴施型），對可以噴水的幼菇，根據棚溫，每2～5天噴施一遍，以增強子實體對異常環境的抵抗力，并可因此而獲得理想的增產、提質，還能增加菇品的厚度和口感。
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