木腐菌是指生活在枯枝朽木上的一類大型真菌，我們常用的有平菇、金針菇、香菇、白靈菇、木耳、等，以下是在生產中常見的幾個問題及防治方法。
1、菌絲滿袋后遲遲不出菇
菌袋菌絲生長旺盛，滿袋后遲遲不出菇，經2-3個月仍不現蕾。主要原因及解決方法：一是料的碳氮比不適宜，氮素過多，碳素不足，導致營養過旺，菌絲徒長，甚至濃密成一團，結成菌皮，而使生殖生長受到抑制，推遲出菇。對于麩皮、豆餅、玉米粉等含有豐富的氮素，添加時應掌握適量，嚴格按栽配料配方進行配制；二是菌絲長滿后，在溫度較高、空氣濕度較低的情況下，過早地打開袋口，表面形成一層干燥的后菌膜，使菌蕾不能分化。遇此情況，可用鐵絲在菌袋兩端戳一個洞，再用小釘耙扒去表面干菌膜，將菌袋浸入25℃以下水中8-12小時，待吸足水分后重新排放架上，給與通風、光照和溫差刺激，增加空氣濕度，就會很快出菇。
原因：①環境溫度不適合。②培養料中的碳氮比例不適合。③光線不足。一般菌類發菌階段在無光線甚至完全黑暗條件下都能正常生長，但在出菇階段必須要有一定的散射光刺激才能正常出菇。④菌株溫型與當時的環境溫度不符。
對策：選用適合季節的菌株和最佳培養料配方，調節好菇房的溫度和光照。
2、菌絲未長滿袋即會出菇
栽培種常遇上菌絲只生長了1／3或2／3時，就出現菌蕾。
主要原因：菌絲培養階段環境條件不適應，如培養料過干過濕，裝袋時壓得太緊，培養基內營養成分差，光線過強，溫差較大，酸堿度不適宜;或因菌齡太老，菌絲生活力減退。
解決方法：創造適宜菌絲生長發育的最佳條件，包括配料、含水量、酸堿度、溫度、光照等，都要適合食用菌營養生長的需要；選擇優質、生活力強的菌種。
3、部分料袋只在一端生長菌絲
在一個料袋的兩端接入同一菌種，往往只有一端菌絲生長良好，另一端則菌絲萎縮死亡。主要原因：一是滅菌灶建造不合理，冷凝水不能沿灶壁回流入鍋，而有一部分不規則地流入袋口內，使此端培養料吸水太多，抑制了菌絲的生長；或料袋緊靠鍋壁排放，鍋裝水太多，互相間空隙太少，使蒸汽循環受阻，冷凝水從灶壁流入袋口，造成此端培養料過濕，影響菌絲生長；二是此段袋口扎得過緊，氧氣不足，也會使菌絲生長受阻。
解決方法：灶頂建成圓拱形，使冷凝水能從灶壁回流鍋內，料袋排放應與灶壁間有一定距離，以免進水。另外，料袋不要排得過擠，以加速水蒸氣循環，提高滅菌效果。用橡皮筋或繩扎口的料袋，菌絲定植后要把口松開一些，以增加通氣量，避免缺氧而造成菌絲死亡。
4、菌袋中間出現大量菇蕾
有的菌袋在菇蕾分化期，料袋周圍壁內出現大量菇蕾，由于菌蕾受到薄膜袋的擠壓不可能長成菌菇，造成營養流失而影響產量。
主要原因：裝料不緊實，料與袋之間有空隙，滅菌時壓力過大，漲破料袋或使料袋鼓起；裝料或搬運中料袋刺破；菌絲生長階段培養環境不適，如溫差過大、光照過強、空氣濕度較高等，均會促使料袋中部產生子實體原基。
解決方法：裝料要邊裝邊壓實，外緊內松，料與袋壁緊密接觸、不留空隙；裝料搬料要小心，避免料袋破損，蒸料后要緩緩放氣；培養室應進行避光，保持溫度恒定，相對濕度維持在70﹪左右；菌種培養室和出菇場地要分開。
5、袋栽會出現燒菌現象
燒菌是菌袋內菌絲生長環境的溫度過高，超過了菌絲生活力范圍而造成菌絲死亡現象。大部分的食用菌菌絲生長階段，當培養料內溫度超過35℃時，菌絲生命力將出現減退，超過40℃時就會燒菌。為避免發生燒菌現象，栽培中一定要控制料溫不超過35℃.若溫度較高，應采取降溫措施，打開門窗進行通風、在地面灑冷水。
6、發菌后期菌絲吃料慢，遲遲不滿袋
原因：①裝料過緊或菌袋兩端扎口過緊，袋料中間氧氣不足；②環境溫度不適合。
對策：注意裝袋和扎口松緊適合。根據天氣變化隨時調節發菌室的溫度以適合菌絲生長。
7、接種后菌絲不吃料、不發菌
原因：①培養料含水量過高或過低或被雜菌感染。含水分過高，則菌絲前端與培養料有明顯的分隔線，培養料顏色較深；水分過低則生長菌絲與培養料的界限不明顯，培養料顏色較淺，菌絲生長前端不均勻，擴散也不整齊而且較為稀少。②酸堿度不適合。③用種量太少。
對策：配制培養料時嚴格按照各種食用菌生長要求的條件調節好培養料的含水量和PH 值，使用適量菌種。
8、產生雜菌感染
原因：①培養料滅菌不徹底。表現為整個培養袋上都長出均勻的雜菌菌落，或培養袋被刺破而使雜菌侵入形成圓形擴散的菌落；②接種過程不規范。表現為長出的雜菌通常只在袋口周圍，且菌絲稀疏；③菌種本身帶菌。表現為菌種所到之處均有雜菌；④場地條件差或利用消毒不徹底的老菇房。表現為培養袋上出現無規則雜菌菌落。
對策：①選用新鮮無霉變的培養料。對質地堅硬、顆粒粗細不均的原材料進行過篩處理。②及時裝袋，徹底滅菌。拌好料后，盡快裝好袋并及時徹底滅菌（料溫升至100℃后維持10-12小時以上） ③選用優質菌種。到信譽度高、經濟實力強、技術力量雄厚的單位**高產優質菌種。接種時仔細檢查，確保菌種無感染。④要對接種室及接種用具嚴格消毒，接種時保證接種場所、工具和接種人員的清潔衛生，嚴格遵守操作程序。
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