在食用菌生產中，大多品種為熟料栽培生產，如木耳、香菇、靈芝、真姬菇、杏鮑菇、白靈菇、滑子蘑、灰樹花、楊樹菇、白玉菇以及金針菇、猴頭菇等，已成為發展經濟和農民增收的產業性項目，發展勢頭喜人。但存在問題是，由于是熟料栽培，操作及程序較為繁雜，牽涉技術、經驗以及設施條件不能滿足等原因，使得污染率居高不下，給菇農朋友帶來一定的經濟損失，甚至已成為制約事業發展的主要障礙。現將常見的污染原因作簡要分析，并提出相應的處理措施，供菇農朋友參考：
1、基料配比不當，氮素營養過高。為使基質營養豐富，大量加入麥麩、米糠以及豆餅、尿素等氮素物質，使基質碳氮比降至20：1以下，料袋內充斥較大氨味，一方面抑制菌絲生長，另一方面又招致雜菌滋生。解決方法：合理配方，將基質碳氮比調至30：1，最高限定在25：1的水平；萬一加入氮類物質過多，可在裝袋前進行適當堆悶，以揮發部分氮素；裝袋后發現氨味較大時，可在發生蒸汽的水中加入適量甲醛，使之與氨發生中和反應，借以降氮；滅菌后發現袋內氨味較重時，應降低室溫，噴灑甲醛，以達抑制和中和的目的；若氨味極重，則不予接種，應將料倒出，重新進行配料處理。
2、原料選擇不嚴，毒素腐敗并存。原料中若摻入了松、柏、杉等樹種的木屑，可抑制或殺傷菌絲；或者選用的麥麩等輔料陳舊、霉變，滅菌后可導致基料整體腐敗，其后果必然是接種塊不萌發，或者菌絲不吃料，致使雜菌大量發生而發菌失敗。解決方法：原料選擇應嚴格，堅決杜絕不合格的原輔料進入生產。
3、原料細碎、水大，基質透氣性差。實際生產中，該種原因所致失敗的例子較多，同時伴生的另一問題是裝料偏緊。解決方法：認真分析，對癥下藥。
4、滅菌遲、升溫慢，袋內基料酸敗。裝袋速度太慢，或者裝袋后遲遲不能進行滅菌，或者滅菌起始溫度太低，或者升溫太慢等原因，使得基料在袋內即已發生酸敗，此后即使各個環節的操作十分規范，也都是“無用功”，因為菌種在酸敗的基質上是不會萌發或生長的。一段時間后，各種雜菌趁虛而入，導致生產失敗。解決辦法：集中人力，快速裝袋操作，有條件時應盡量采用機械裝袋；在裝袋即將完成的最后一小時，滅菌灶開始生火。待滅菌室內溫度約80℃左右時，料袋也已裝好，此時應立即裝鍋，并加大火力，使料袋袋溫在1—2小時內達到或超過100℃，然后保持8—16小時。采用高壓滅菌時，最好也能使滅菌室內先達到一定溫度，0.15兆帕保持2-3小時。該環節的要害問題，就是必須縮短裝袋操作與滅菌操作之間的距離，并且，滅菌的起始火力要大，使料袋在很短時間內達到規定溫度。
5、無菌觀念不強，接種帶入雜菌。該類問題發生較多，往往成為污染的重要原因，其主要癥結是操作人員沒有經過系統、嚴格培訓，沒有從思想上建立起無菌操作觀念；尤其第一次接種“馬馬虎虎”僥幸成功的生產者，此后的操作更是極不認真，為雜菌污染創造了良好的發生和生長條件；或者由于設施、設備等條件的限制，根本不可能達到無菌的要求，致使雜菌孢子隨菌種一同進入菌袋。從而發生批量性的污染。解決方法：接種室及培養室要進行徹底消殺，接種前的熏蒸滅菌，一需藥物足量，二應嚴格時間；操作人員用75%的酒精棉球擦試雙手及暴露的手臂后再進行接種；工作期間應保持安靜，不得隨便進入接種室，不得隨便走動、大聲說話，以減少空氣流動；對所有待接或已接菌袋，均應輕拿輕放，以避免菌袋撞擊收縮甚至袋壁破裂；培養室及進行嚴格清潔及消殺外，尚應保持良好的通風，以及采取避光措施，保持空氣濕度在70%左右；地面及空間應經常噴灑消殺藥物；有條件時應采取必要的控溫措施。
6、接種時間不適，發菌遭遇高溫。計劃春季出菇時，三四月份才接種，因氣溫漸高而易污染雜菌。計劃秋季出菇時，勢必在七八月份接種，則恰在高溫時間段內發菌，因此，雜菌的污染也是情理之中的。因大多食用菌在5℃以上菌絲即開始萌動并緩慢生長，而大多雜菌則需15℃以上才大量發生，因此，安排春季出菇時，要盡早接種，采取自然低溫的發菌管理，可減輕或避免雜菌污染。高溫季節發菌時，應創造條件進行溫度控制。
7、考慮成本問題，菌種接種量偏小。適當的接種率，是保證發菌成功的必要條件。有些菇農，為降低生產成本，“聰明”地降低接種率在5%左右，使得菌種萌發后難以形成“集團優勢”，而遲遲不能覆蓋料面，雜菌趁虛而入導致生產失敗。正常的接種率應控制在10%，自產菌種時可加大到15%以上，但也不可過高。低于8%或超過20%，對發菌和出菇將會產生不利影響。
8、環境污染偏重，雜菌基數較高。培養室以及周圍環境不潔凈，雜菌孢子多，勢必造成污染嚴重。解決辦法：選擇遠離村莊、空氣新鮮、地勢干燥、通風良好的地塊建造生產用房；或者徹底清理原培養室周邊的環境，附近不得有廁所、廄舍、垃圾堆、農產品倉庫等設施；生產過程中產生的污染菌袋、菌糠廢料等，不得隨丟亂棄，須集中處理；老舊菇房、菇棚等場所，應定期進行消殺處理，以避免雜菌孢子長期積累、污染環境；對培養室應采取預防性措施，經常噴灑殺菌藥物。
9、通風嚴重不良，導致菌絲弱勢。菌絲生長需要一定量的氧氣，發菌期間，良好的通風可使菌絲迅速生長，盡早長滿菌袋料面，從而占領“陣地”，使雜菌無可乘之機。生產中一般可掌握室內二氧化碳濃度在0.6%以下，大于0.8%時，菌絲生長則會因此而受到抑制，輕則減緩長速，重則誘使厭氧菌類雜菌滋生。實際生產中，為避免通風時室溫的影響，氣溫高時在晚間通風，反之則應于中午時間進行；必要時，可采取機械強制通風等措施，以保證足夠的氧氣供應。
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