1.作肥料或堆肥原料；食用菌廢棄物中含有豐富的菌體蛋白、多種代謝產物及未被充分利用的營養物質，有機質含量高，是較好的堆肥原料。經堆肥處理形成的菌渣肥料比用秸稈堆漚的肥料有更多的可給態養分和更好的增產效果。
2.做育苗基質；把出菇后的廢棄物與土壤混合后堆積發酵處理后，用來作為蔬菜、花卉育苗基質，基質的土壤理化性質得到改善，且生產成本低，幼苗生長健壯。菌渣用作蔬菜栽培基質，可使蔬菜幼苗在短期內灌溉清水的情況下正常生長，但采用新鮮的食用菌廢棄物直接進行蔬菜育苗，存在發芽率低、生長勢弱、苗發黃嚴重等問題。利用菇渣發酵產物與其它基質混合栽培蔬菜，降低了生產成本，提高了產量和品質。
3.做飼料添加劑；在食用菌菌絲體的生長過程中，隨著酶解反應的完成，副產品中含有多種禽畜體內不能合成的，一般飼料中又缺乏的必需氨基酸和菌類多糖。因此，栽培食用菌的下腳料又是一種很好的菌糠飼料。
4.用作食用菌栽培原料；選擇培養料未被雜菌污染的木耳、金針菇、杏鮑菇、白靈菇等栽培后的菌渣，進行剝袋、打碎、建堆發酵及滅菌等處理，用于平菇、草菇、雞腿菇、雙孢蘑菇等草腐菌栽培。
5.用作燃料；將出菇后的食用菌廢棄物曬干保藏，用于菌種培養基和培養料的滅菌燃料，這已在生產中廣泛應用。 近年開發的菌渣木炭機，將菌渣粉碎、烘干、制棒、炭化處理等工藝，在隔絕空氣條件下，經高溫高壓成型、炭化處理后制成的一種廢物再生能源。另外，近年開發的“生物質氣化爐”，可直接利用菌渣做燃料，提高了熱值和氣化效率。
6.利用菌渣發展沼氣；目前一些食用菌產區利用菌渣發展沼氣。如河南西峽縣是食用菌生產大縣，也是沼氣試點縣，目前已發展沼氣5000戶，每年有5000噸菌渣投入沼料使用。也可以作為禽畜養殖墊料，禽畜糞污被菌渣墊料中微生物分解，禽畜舍無臭味，墊料發酵后投入沼氣池。
7.作為生態環境修復材料；菇渣中含有大量的漆酶、多酚氧化酶以及過氧化物酶等多種降解酶類，這類酶不僅可以降解木質素，還能有效地降解萘、菲、吡等多環芳烴類的化合物。將菇渣作為接種劑用于環境污染修復領域的研究報道越來越多。
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