食用菌菌種在培養過程中均會不同程度的發生諸如綠霉、青霉、曲霉、根霉、毛霉以及細菌等雜菌污染，高溫季節尤為嚴重。生產過程中由于雜菌的侵害，往往會引起減產甚至絕收。因此，尋找雜菌污染的原因，對于提高栽培的成功率和提高經濟效益具有重要的意義。正常情況下，二級菌種和三級菌種的污染率在5%以下，如果超出了這一范圍，就需要我們查找原因了。造成菌種污染的原因如下：
1.滅菌不徹底：培養料滅菌不徹底會造成雜菌污染，一般3-5天即可出現污染現象。而滅菌不徹底也是由于下列幾個原因引起的：
①霉菌操作不當：一般雜菌的菌絲體與孢子經過常壓100℃、6-8小時或121℃、0.5-2小時均能殺死。目前食用菌培養料往往采用常壓滅菌法或高壓滅菌法。常壓滅菌對谷粒、糞草等材料的滅菌難度較大，不容易完全達到滅菌的效果；而高壓滅菌法效果則要好得多。采用高壓滅菌時，關鍵是把鍋內冷空氣排盡，否則，鍋內不能達到飽和的蒸汽壓，滅菌的溫度也達不到要求。采用常壓滅菌時，滅菌倉的周圍最好砌成圓形，以便灶內升溫均勻，灶頂砌成圓拱形，這樣冷凝水沿四壁下流而不會打濕菌種瓶（袋）。另外蒸汽不足、溫度不高等也是常壓滅菌不徹底的因素。
②培養料性質的影響：制種所需材料的種類、培養料中的含菌量、含水量以及酸堿度等都能影響滅菌效果。滅菌時，要根據培養料配方的不同，選擇相應的滅菌時間。選用的培養料一定要新鮮無霉變。從培養料滅菌前微生物含量來看，微生物數量越高則滅菌時間越長，反之則短，所以培養料配制完畢后必須及時滅菌，裝袋后的菌種千萬不要過夜后再上鍋滅菌，以免微生物大量繁殖，導致料內的含菌量升高，并且會造成料中營養損失。水的熱傳導性能比木屑、糞草等固體要強，如果培養料內水分均勻適宜，則滅菌效果好。培養料中應避免出現"夾心料"（即培養料中含有未吸水的干料）。滅菌鍋內的蒸汽對夾心料的穿透能力較弱，容易出現滅菌死角，達不到滅菌的目的。另外，培養料的酸堿度也影響滅菌的效果，偏酸的培養料比中性和偏堿性的滅菌時間要短。
③菌種瓶（袋）堆放不當：菌種瓶（袋）在滅菌鍋內的堆放形式可影響滅菌的效果。在排放時要留有一定的空隙，以便蒸汽的流通和升溫。對菌種袋裝的培養料滅菌時，由于塑料袋受熱后容易變形變軟，如裝料不緊，疊壓堆放時則菌袋之間的空隙會減少，影響滅菌的效果。
④菌種瓶或菌種袋的影響：制種時一般選擇菌種瓶或菌種袋。塑料袋傳熱速度快，而玻璃瓶則傳熱速度慢，在相同培養料，使用相同的滅菌方法時，瓶裝料要比袋裝料滅菌時間稍長一些。另外，個別容器密封不嚴或細小破損，也可以導致雜菌的污染。
2.接種操作不規范：重慶食用菌接種過程需要嚴格的無菌操作，如操作不規范則極易造成培養料的雜菌污染。污染的雜菌一般是接種室空氣中雜菌、菌袋表面的雜菌以及接種人員的體表雜菌等。操作不規范引起培養料污染的特點，是雜菌在培養料表面生長，一般發生在菌袋開口處以及接種處。因此必須要嚴格遵守無菌操作規程，接種室要用"菌室專用消毒王"進行嚴格的消毒處理。
3.菌種帶雜菌：用于擴大培養的原種本身必須是純菌，這樣才能保證菌種的單一性。如果菌種本身不純，可造成批量污染，生產中的一批菌種中，集中在一起的菌種都出現污染，而且污染的部位在菌種塊處，污染出現較早，接種3-5天即可出現。因此我們在制種時應盡量采用生活力強、菌齡適宜、抗逆性強的優良菌種原種。
4.培養室不潔凈：培養料不潔凈、空氣不流通、室內潮濕，也可感染雜菌。這種情況下污染率相對較低，但隨著培養時間的延長，污染率會逐漸增加。大量污染出現比較晚，一般在接種10天后出現。
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