1.溫度；溫度是環(huán)境條件的諸多因素中最為活躍的因素，也是對食用菌菌種生產(chǎn)、生產(chǎn)和使用影響作用最大的因素。任何種類、任何品種菌絲生長都有其生長溫度范圍、適宜生長溫度范圍和最適生長溫度，同時也有各自的高溫致死溫度和低溫致死溫度。菌種生產(chǎn)中都是將培養(yǎng)溫度設定在適宜生長溫度范圍內(nèi)。總的說來，食用菌對高溫的耐受度遠不及對低溫的耐受度更高。經(jīng)驗表明，在適宜溫度范圍內(nèi)，相對較低的溫度下培養(yǎng)的菌種栽培使用中活力、長勢和抗性都高于較高溫度下培養(yǎng)的菌種。如，黑木耳的菌絲生長最適溫度多數(shù)品種在28℃，在這一溫度條件下，菌絲生長最快，但是菌絲相對較細，菌落稀疏，而在25－26℃下，菌絲長速雖稍慢，但是菌絲粗壯有力，菌落致密。因此，菌種生產(chǎn)中常將培養(yǎng)溫度設定在低于菌絲生長最適溫度以下2－3℃。
菌種生產(chǎn)中常遇到的不是低溫問題，而是高溫問題。在菌種培養(yǎng)中，溫度超過適宜生長溫度高限后，菌絲生長顯著減緩，甚至停滯生長。溫度降至其可生長時，菌絲雖可繼續(xù)生長，但是，停滯生長期形成淺黃色或淺褐色高溫圈。另外，在高溫條件下，菌種的污染發(fā)生較多。
溫度不僅影響菌種生長期菌絲的生長，還影響菌種的栽培效果，有的種類菌種高溫培養(yǎng)后，出菇受到顯著的抑制或減產(chǎn)。
2.濕度和氧氣；濕度包括基質(zhì)的含水量和培養(yǎng)環(huán)境的大氣相對濕度兩個方面，濕度與氧氣是密切相關的，不論是基質(zhì)還是大氣，濕度大氧氣含量自然降低。因此，菌種生產(chǎn)中要調(diào)整好濕度和氧氣的關系。任何種類和品種都有其適宜和最適生長的基質(zhì)含水量，在適宜含水量范圍內(nèi)，偏低條件更利于菌種的生長，菌絲會更粗壯有力、多分枝、致密、活力強，栽培中接種后萌發(fā)快，污染少。但是，外觀不及水分和含量大的菌種菌絲那么致密、潔白、鮮活。基質(zhì)含水量偏大的菌種雖然生長加快，外觀更潔白致密鮮活，但是栽培接種后菌絲萌發(fā)慢、污染率增高。基質(zhì)含水量過高時，菌種培養(yǎng)中污染率增加，菌絲生長也會顯著受阻而變慢。
菌種培養(yǎng)要求大氣相對濕度偏低，以≤75％為宜，過高不但易導致菌種污染，而且造成通風不良菌種缺氧生長干癟。但是，也不可過低，過低導致菌種上部顯著缺水，活力降低。因此，氣候干旱地區(qū)必要時可地面灑水防止菌種失水。
3.酸堿度；酸堿度（pH）是影響菌絲生長的重要因子，同時也是影響菌種成品率的重要因子。酸堿度顯著影響菌絲生長速度。在適宜酸堿度范圍內(nèi)，適當提高酸堿度，可以有效降低菌種污染率。
4.潔凈度;環(huán)境的潔凈度主要影響菌種的污染率，環(huán)境潔凈污染率低，環(huán)境不潔菌種污染率會顯著增加。因此，菌種廠選址要便于清潔和空氣凈化，產(chǎn)生中環(huán)境要經(jīng)常清潔，廢渣要處理得當，搞好環(huán)境衛(wèi)生，保持良好的生產(chǎn)環(huán)境。
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