栽培方法很多，不同品種也有所不同，在原有的畦栽、袋栽基礎上，近幾年有許多新突破，如園田化栽培、保護地栽培、立體栽培、地下栽培、覆土栽培、反季節栽培等等，應當指出，采用這些技術時，都是有利有弊，必須結合當地實際進行。這里介紹一些比較先進的栽培方法。
1.平菇床畦覆土蓋草法：既有復土出菇的優點，又克服菇根沾泥的缺點，方法是在大棚內設床畦，寬1米左右，深30厘米，將坑底泥土挖松，鋪一層肥泥，將成熟菌袋從中間切開成二節，脫去筒膜，豎立排放在畦內，覆土層不能厚，澆足水，然后蓋膜發菌，當見到土面爬滿菌絲后覆一層長15-25厘米的稻麥秸（預泡石灰水）覆草厚度以明顯看不見復土層為宜，然后再復蓋薄膜，發菌，要注意通風換氣，過幾天后就有大量原基發生。
2.單排式泥面菌墻復土法。要預先準備好復土和抹墻泥材料，以河泥塘泥為好，菜園土次之，土中加4-5％菜并浸出液，0.5-1％磷肥，0.2％尿素，0.1％-0.2％磷酸二氫鉀，1-3％石灰粉，加水適量，調和成營養稀泥備用。大棚內按間距80-100厘米筑土埂或砌墻腳（高15-25厘米）將脫袋菌棒依次平排在土埂上，淋一次追肥液（4-5％的菜并浸出液，加0.4￥-0.6％尿素）蓋一層營養稀泥，如此堆放7-10層，高90-110厘米，然后用泥板收漿，將墻面抹平，待墻面稍干后，次日再抹營養稀泥，菌墻頂部用泥土做成蓄水池，經常灌水，讓其自然滲透，以保持濕潤。
3.袋式復土栽培：將發好菌的菌袋脫去薄膜后直接進行棚、畦床復土栽培。選擇排水良好、土地肥活的地塊，挖深10-20厘米，寬100-150厘米，長度不限的畦床，畦床南北向，周圍挖好排水溝，床底要求平整，撒上少量石灰消毒，然后將脫袋后的菌棒橫放縱向排列于畦床上，菌棒間隙3-5厘米，用肥土或發酵料填滿，再于菌棒表面復3-5厘米厚的粗細混合土（或菜園土）覆土材料使用前用1-2％石灰水消毒，復土后蓋薄膜和草簾，避免陽光直射，然后按出菇狀況進行管理。
4.窄壟穴播栽培。例如平菇生產，按床寬一米，料厚10厘米，然后用木板將上層料分開，做成窄壟，使整個床面呈波浪狀。波峰相距30厘米，用木板壓實，然后用穴播法播種，穴距10厘米×10厘米，并在表面撒一層菌種，撒一層料，用木板拍平，上面蓋一層用2％石灰水調濕的碎稻草，加蓋薄膜發菌，進行常規管理。
5.室內床式栽培：一般蘑菇、平菇等都能在室內、大棚內設架使用。床架要牢固，一般床寬1米，4-5個層次，上、下層距離50厘米，保證有散射光照到床面，床面鋪塑料薄膜，使用前用5％石灰水噴灑四壁和地面，如播種蘑菇時，先墊鋪培養料，厚薄一致，料面平整，厚度一般15厘米，為了發揮菌種優勢,一般都采用穴播,穴距為8×10厘米，穴深3-4厘米，一般750毫升的蘑菇瓶菌種可播種0.27-0.33平方米面積。方法是：用手指挖穴，將菌種置于穴中，蓋一層培養料，輕壓，使菌種和料貼緊，播后用薄膜覆蓋保濕，暗光發菌。
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