食用菌菌種的概念，原指食用菌的孢子，這里將純菌絲體連同培養(yǎng)基質(zhì)一一同叫做菌種。根據(jù)菌種的培育過程，固體培育的菌種被分為母種（一級種）、原種（二級種）和栽培種（三級種）。母種是菌種選育后在試管培養(yǎng)基中繁殖而成，用于繁殖原種，也可保藏菌種做種源。原種是母種菌絲在固體培養(yǎng)基上擴繁而成，這個擴繁過程增強了菌絲對培養(yǎng)環(huán)境的適應性。栽培種是原種進一步擴繁而成，增加的是菌種的量，原種和栽培種都可以直接出菇。液體菌種是指生長在液體培養(yǎng)基中的菌種或菌絲體。對于液體菌種來說，母種可以直接作為原種使用或用于生產(chǎn)原種，沒有了三級的分別，簡化了生產(chǎn)工藝。液體菌種生產(chǎn)使用了封閉運行的工業(yè)發(fā)酵設備，可得到高純度萌發(fā)迅速的菌種，不容易被污染。固體培育的菌種需經(jīng)過幾次的擴繁，擴繁過程中有滅菌、接種、培育等過程，每個環(huán)節(jié)都容易受到污染。
1. 食用菌菌種生產(chǎn)過程中可能的污染源
1.1 菌種原發(fā)污染、接種過程污染
用于擴繁的菌種本身不純，種源存在污染。種源污染一般都是隱性的，不容易被發(fā)現(xiàn)，往往都是在擴繁過程中被發(fā)現(xiàn)，繁育的菌種污染普遍，不是某一瓶某一袋的問題，損失一般較大。接種過程污染是由于條件限制，設備簡陋，無菌操作不規(guī)范，技術(shù)性差而造成的污染。
1.2 器皿、材料、培養(yǎng)基質(zhì)污染
這種污染是由于滅菌過程存在問題，滅菌不徹底，或器皿（袋）破裂二次污染造成的。培養(yǎng)基質(zhì)料含有單寧或香料類防腐化學物質(zhì)（杉、松、樟木質(zhì)含有的醇、脂、醚），造成菌種吃料萎縮，菌絲無法正常生長和蔓延。
1.3 環(huán)境污染、技術(shù)控制不當造成的污染
由于環(huán)境溫度高、過于潮濕，各種雜菌容易滋生造成感染，另外就是蟲、鼠危害，造成外源性污染。
在培養(yǎng)基質(zhì)料制作過程中，pH值、C/N比例、水分含量等的不適合，在培養(yǎng)過程中光照、氧氣含量、CO2濃度、溫度、濕度等條件控制不當，都會造成菌種生長環(huán)境不理想，菌種的生理活動受抑制，菌絲不能快速生長占據(jù)整個培養(yǎng)基質(zhì)空間，給其他菌入侵和繁育（菌類競爭）造成條件，從而放大了污染的影響。
2. 食用菌菌種生產(chǎn)關(guān)鍵控制點
2.1 種源的選擇、滅菌處理
選擇沒有污染，菌絲生長健壯的適齡母鐘或原種，這樣可從源頭控制污染。選擇適齡母種或原種可保證菌絲在培養(yǎng)基質(zhì)的快速生長，減小其他雜菌繁殖污染的機會。在接種前除認真檢查外，接種時還應棄置部分表層菌種，因為這部分菌種在培養(yǎng)過程中受外源污染幾率大，棄置這部分可防止一些隱性的外源性污染源。具體做法是接種最好破開瓶底，從底部開始使用，棄置上部2～3cm表層菌種不用，如從上部開始接種，應當挖掉瓶或袋上部2～3cm表層不用。
滅菌處理是菌種生產(chǎn)的重要一環(huán)。滅菌處理包括生產(chǎn)環(huán)境滅菌和器皿、培養(yǎng)基質(zhì)料的滅菌。環(huán)境滅菌可采用紫外光照、藥物熏蒸、藥物噴灑等綜合方式，重點是不留死角，同時要保持環(huán)境清潔，不留存菌類生存繁育物質(zhì)條件。器皿、基質(zhì)料滅菌主要是在殺菌鍋內(nèi)擺放問題，必須保證蒸汽的流動空隙通道，使每個器皿都得到蒸汽的熱力“洗刷”。對培養(yǎng)基質(zhì)的滅菌有2項注意：拌料水分均勻，使基質(zhì)料水分吸透，不存在局部基質(zhì)料水分不足問題，可在殺菌前攪拌和悶制，使水分均勻至基質(zhì)料的任何細微結(jié)構(gòu)，有利于殺菌時濕熱的均勻傳遞，保證全部基質(zhì)料受熱均勻；在殺菌過程中，要充分排除殺菌鍋內(nèi)的空氣，防止鍋內(nèi)存在“氣包”，氣包即未排除的空氣包裹了要殺菌的器皿或基質(zhì)料，形成空氣保護層，使蒸汽濕熱不能到達和穿透，影響殺菌。高壓殺菌結(jié)束鍋體泄壓要緩，防止水汽突然膨脹沖擊器皿和基質(zhì)料，造成基質(zhì)料膨脹污染瓶、袋口。出鍋要適時，防止形成凝結(jié)水或基質(zhì)料由于內(nèi)部溫度高造成表層水分蒸發(fā)。
2.2 生產(chǎn)條件控制、生產(chǎn)過程技術(shù)控制
菌種生產(chǎn)區(qū)域要防蟲防鼠，封閉合理，防止外源污染。應有空氣調(diào)節(jié)設備來保證生產(chǎn)溫度、濕度、空氣新鮮。條件差的應該避開不利氣象條件，選擇適合的季節(jié)及天氣進行生產(chǎn)。時刻注意生產(chǎn)環(huán)境溫度、濕度、光照、空氣的變化，采取措施，為菌種培育提供適合條件，使菌絲快速吃料生長，形成茂盛的生長環(huán)境，不給其他菌入侵和繁育造成條件。
接種過程嚴格按照無菌操作規(guī)程進行，采用優(yōu)質(zhì)袋并在生產(chǎn)過程盡量防止袋的破損，接種要利落，禁止瓶口處沾有培養(yǎng)基質(zhì)，棉塞松緊要合適，并保持棉塞干燥衛(wèi)生。培養(yǎng)基質(zhì)料選取要避免含單寧、香料化合物，合理控制基質(zhì)料的透氣性、水分活度、pH、C/N比例和各種營養(yǎng)添加，保證菌絲吃料快，生長迅速。按時巡檢培養(yǎng)的菌種，發(fā)現(xiàn)問題及時處理，避免影響擴大。
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