臭氧作為一種廣譜高效殺菌劑，其殺菌速度較氯快300-600倍，可以快速殺滅各種細菌繁殖體和芽孢，病毒和真菌，如：
1、寄生性真菌病害：有褐腐病、褐斑病、軟腐病、褶霉病、枯萎病、淺紅酵母病等。
2、競爭性真菌病害：毛霉，根霉，曲霉，青霉，鏈孢霉，綠霉。
特別是對黑木耳栽培菌制菌期危害最為嚴重的“紅色脈孢霉（Neurosporspp）”殺菌效果極佳。
在傳統殺菌藥物中如：甲醛又名福爾馬林，高錳酸鉀俗名灰錳氧，酒精化學名稱乙醇，多菌靈又稱棉萎靈，氣霧消毒盒商品為灰色粉劑，新潔爾滅陽離子型表面活性殺菌劑，升汞重金屬鹽型殺菌劑，碘福廣譜性殺菌劑，百菌清有機氯保護性廣譜殺菌劑，硫磺保護性殺菌劑和殺螨劑。殺菌不徹底有死角，藥物殘留大可造成二次污染，對人有傷害，多年用的菌房內各種細菌形成了對藥物的抗性不易殺死。隨著人們對化學消毒劑在制菌中對生產人員造成的傷害和化學消毒劑殘留造成黑木耳污染的重視。臭氧將成為食用菌行業的新興消毒劑得到迅速的推廣和使用。
臭氧在食用菌中的應用
臭氧具有極強的氧化能力，它的氧化能力僅次干氟，而高于氯，因此具有極強的消毒滅菌作用，脫色、去除醒臭異味和分解作用，因此，廣泛用于水處理，化學氧化，醫療衛生和農業栽培、保鮮、食品加工和方面，具體預期在食用菌生產加工方面的有：
①接種室、培養室、栽培室的空間臭氧氣體消毒滅菌。
②接種人員手、衣服和接種器械的臭氧水消毒滅菌。
③菇房增濕用水的臭氧消毒滅菌。
④鮮菇包裝前采用臭氧或臭氧水進行保鮮處理。
⑤對食用菌用臭氧水清洗可降解農藥殘留。
⑥使用臭氧和臭氧水對食用菌進行處理可達增白效果。
⑦在深加工方面：使用臭氧對食用菌有效成份進行結構修飾。
臭氧使用
（1）接種室： 接菌消毒在準備接菌前開啟臭氧機50min，停機30min接菌人員進入接菌室。
培養室：將接種好的菌種移入菇房內，開機滅菌30分鐘，然后關機，每天觀察食用菌生長情況。為確保菌種生長的良好環境，每次開門觀察后，可開機15分鐘，停機后密封，防止腐殖菌、雜菌滋生，促進食用菌健康生長。為方便操作，可將滅菌機的電源開關安裝在菇房門外方便之處。入室操作后即閉門開機，定時關機。
（2）采用臭氧發生器連接導氣管，在食用菌培養室，接菌室，黑木耳深加工廠頂部布設管道，將臭氧送入潔凈區。特別是在食用菌生產前把各菌房用臭氧提前殺菌消毒。幾種方法消毒效果都是一樣的。從使用臭氧進行滅菌的食用菌廠的檢測報告可看到，菌檢全部合格，完全替代了令人頭痛的甲醛，硫磺熏蒸大消毒同時，能耗減少，人身健康，取得了滿意效果。
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