一、菌種不純。受菌種生產者知識和技術水平等限制，不能正確或及時鑒別雜菌和污染的菌種，不健康菌種用于栽培勢必會導致失敗或減產。

二、質量不齊。由于菌種生產廠家的設施設備、培養條件和技術水平不同，生產出的菌種質量有很大差異。正規菌種廠能夠生產出合格菌種，但小型及個體菌種廠生產出的菌種，質量就不一定能得到保證，菇農在引種時要到當地信譽好，技術力量有保障，通過省級認證的廠家去購買。

三、菌種老化。由于不利外界環境因子的影響、生產程序不嚴格、菌種自身或誘發變異、雜菌或病毒感染、長期保存不注意選育復壯及無限度擴大培養等原因，導致食用菌品種退化或老化。主要表現在菌絲細胞生命力差、生長速度慢、菌齡延長、轉茬慢、產量低、抗雜、抗逆能力差、異常的生長、菇質差等。

四、夸大種性。把推廣菌種的特性讓栽培者明確，是菌種生產廠家必須做到的事情，但一定要科學、準確。在現實中，對所售菌種種性介紹含糊、夸大、牽強附會甚至欺騙的廣告、宣傳屢見不鮮。比如菌種的抗性，包括發菌階段對各種霉菌、出菇階段對不同侵染性病害的抗御能力，再好的品種，不會什么病都抗，籠統地說抗性強，是極不科 學的；又如生物轉化率，其高低 涉及的因素很多，一個高產菌株只有在大規模生產考驗中才具說服力，但有的廠家卻把菌種的生物轉化率提高到400%，顯然是誘騙；再如在溫型的描述中，只粗略地提供出菇的范圍就失去了意義，甚至是誤導等。

五、品種混亂。食用菌品種很多，常見的就有十幾個品種，一般一個菌種廠會同時生產幾個品種，很多情況因生產不規范、盲目追求效益，導致在生產過程中發生不同菌種混雜的現象。