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一、菌種包中心打洞接種，對保證菌種純度方面，很難做到萬無一失。菌種供氧處前端的菌體部位在長時間的菌絲繁育培養中，往往會有一部分雜菌孢子隨著新陳代謝的活動，而進入到菌體的最外層。雖然未看到有明顯的雜菌存在，但事實上這些部位確確實實有雜菌孢子的存在，并且有些還會繁育成白色的菌絲侵入到菌絲的體內。這種現象在生產中已經是確認無疑的。凡是用棉花做成的標準棉塞的原種，由于過濾行程較長，雜菌很難進入到菌種瓶內。但對于無棉蓋體制成的塑料袋栽培種來說，情況就大不相同，因為它們控制雜菌的效果相當差，所以這種工藝的應用需要我們在生產中慎重對待，在接種時切除菌種供氧處前端的菌體部位就很有必要。

二、接種后的靜養式培養，給雜菌的滋生繁衍創造了條件。要想改變這種局面，除了采用適當的藥物處理培養環境外，加強室內的空氣流動性是非常必要的。延長通風時間促使幼小菌體健壯地生長，從而達到抑制雜菌滋生目的，這種管理工藝可稱作為動養式管理。但是要注意空氣只能是緩緩地流動，這樣才不致于把雜菌直吹進菌包內。工廠化的通風設施應以抽風為主，來促使空氣的置換，大功率的風機運行，很容易把雜菌孢子直接壓入到袋內，易造成污染率增高。動養式的管理延長了空氣流動的時間，加強菌種的代謝活動，菌種的生長的速度隨之提高，因此它們的抵抗雜菌的能力也就提高了許多。

三、倡導科學的接種方法和實施接種車間和冷卻車間的二次噴霧消毒，是降低污染率的重要條件。接種時挑取菌種只能用鑷子挖取，不可用手直接拿取；挑取后攝子只能插在種子上，種子也只能橫向放在機車上，這樣會有利于種子上少帶雜菌。強冷間由于雜菌存量較多，應該用消毒液在工作期間進行二次以上的噴霧消毒，這樣會輔助控制雜菌的存活量更低些。 

四、切實做好自然冷卻間與強冷間的通道封閉工作是控制雜菌存量的重要一環。

五、找出適合工廠化生產的制種工藝。根據多年的制種經驗來分析，糖瓶可用來作母種擴繁， 原種一定要用750毫升標準瓶，但對于這兩種瓶的棉塞必須嚴格做好。棉塞插入瓶中內的長度，應不少于2.5㎝，并且松緊度適宜，這樣有利于控制雜菌的侵入，以確保原種的純度。對于生產種，使用枝條制種模式，污染會更好控制。 

六、拌料場地的污染源控制，也是有效降低污染率的好辦法。玉米芯料的預濕，必須遠離制袋車間，預濕后的轉運，就不會使雜菌飛揚。再者可以加入一定的消毒殺菌藥液，再進行預濕處理，經處理后再轉運到拌料場，就會更安全了。    

七、設置零污染處理車間，可確保工廠化的良性運行。零污染車間基本工藝設施及流程：每天把菌袋培養間檢出來的污染袋，直接送入到零污染車間，車間內由兩臺機器運作，一個破袋機，一臺裝袋機，根據生產量檢查污染多少，安排相關人員適時進行操作。車間內，配備操作用的衣、鞋、帽。操作完畢后，由專業菌棒轉運人員運到滅菌車間，及時進行滅菌，車間應遠離接種間。車間人員下班后，工作服應放在車間內，連同車間一起進行消毒，以殺滅存留在車間內的雜菌孢子。 另外可以在這些廢料中，加入一定量的殺菌藥物，攪拌均勻裝袋，滅菌時與正常菌包同時滅菌。