（一）栽培周期長
香菇栽培周期約160 天，其中菌絲培養階段（包括轉色）為120 天（培養時間少于120 天，頭潮菇畸形率高)，出菇階段40 天（采收2 潮，隨后幾潮，在自然季節時，可置于室外建棚栽培），是目前所有工廠化栽培菌類中栽培周期最長的。全年復種指數較低，資金周轉緩慢的品種。
（二）難以穩定地同步實現菌棒轉色
轉色是香菇代料栽培的極重要環節，是菌棒表層菌絲內多酚氧化酶氧化“褐變”的結果，在菌棒的表面形成具有一定韌性的褐色菌膜，代替椴木樹皮，起保濕作用；否則，出菇困難。
香菇轉色需要充足氧氣和散射光，自然季節性栽培，菇棚需要有“三分陽，七分陰”，“花花細雨淋得入”，才能制造出褐色的“人造樹皮”。在室內進行工廠化周年栽培，難以滿足這種轉色條件，轉色穩定性、同步性相當差。這是香菇工廠化栽培的難點之一。
日本部分工廠化栽培企業，也是在適宜的季節里進行工廠化栽培，將生理成熟的菌床置入屋檐下或在室外建棚進行轉色，足見光線、氧氣對轉色的重要性。這種移動式做法也費時，費工。
（三）不定點出菇
香菇出菇不定點、分批次，第一潮菇產量僅占總采收量的25%～33%，明顯不同于金針菇、杏鮑菇等的僅一次采收就達到總產量的80%，無法一次性采收結束。采收同等重量菇，香菇所耗工時是金針菇的12 倍、杏鮑菇的8 倍，企業采收成本高。采用全脫袋栽培模式有時會爆發出菇，出菇數量雖然增加，但菌床營養供應分散，菇蓋偏薄、偏小。為了保證鮮菇的品質，使鮮菇直徑達到3.5 厘米以上，只能分次采收。
（四）菌床補水困難
香菇菌床培養階段失水率約1.5%，出菇階段因不同菌床的表面積不同，失水率不同。而香菇好氧，出菇階段二氧化碳體積濃度須控制在0.12%以下，所需通風量大，必然增加菌床失水量。國內曾采用涂蠟、保水膜等措施保水，但由于物質殘留，食品安全不允許，因此，依然采取注水方式補水。日、韓工廠化栽培采用浸泡工藝，但費時費工。
（五）優質菇和普通鮮菇的售價拉不開
工廠化栽培要依靠電力和設備，我國電費在生產成本中占40%以上，與日本、韓國的低電價相比， 成本過高，所獲得的利潤低。國內鮮菇的價格低迷，每千克批發價僅在7（冬季）～15 元（夏季）之間波動，平均價格每千克10 元，仍占普通消費者可支配收入的2.5‰而日本批發市場的鮮香菇價格相當于每千克70 元人民幣。國內鮮香菇市場比較飽和，低價才是硬道理。優質香菇與統菇的價位難拉開，降低了香菇工廠化開發的意義。
（六）適度規模嘗試性開發
香菇工廠化栽培工藝還沒有成熟，還需不斷改進，只能夠進行適度規模嘗試。此外，香菇采收后的后熟發熱現象十分嚴重，在非冷藏情況下，數小時內，品質不斷下降。國內現階段冷鏈運輸不完善，難以保證鮮香菇產品的貨架品質。因此，只適合在省會城市周邊中高海拔地區進行適度開發性栽培。近期有人采用雙棚結構，在光伏板下種植香菇，小區試驗取得成功，但只是在栽培季節進行。而一般的光伏園區面積有數百畝（1 畝≈667 平方米）之大，全部種植香菇，木屑資源、勞動力、運輸成本、管理成本都是大問題。大面積光伏棚下季節性種香菇，結局必然難能樂觀。
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