生產企業和消費者對價格的思維是"矛盾"的，生產企業要增收希望價格越高越好，消費者要降低生活成本希望價格越低越好。結果，中間商一邊利用自身的優勢對生產企業壓價收購，一邊又對消費者的剛性需求抬高售價，雙向擠壓，造成產品價格大部分都留在了流通環節。所以需要減少流通環節，優化流通布局，完善流通準入。

由于缺乏對市場的準確判斷以及信息的滯后，市場供求信號不能及時在產量上得到反應。"一哄而上或一哄而下"跟風現象導致工廠化產品價格陷入"產品難賣-價格下跌-減產停產-貨源減少-價格上漲-生產增加-產品賣難"的怪圈，形成周而復始的波動。工廠化生產企業在市場經濟中沒有定價話語權只能依靠供求關系，不能較好地反映其價值。

我國工廠化食用菌生產布局分散、雜亂，產品嚴重趨同，產業規模效益被分散化和弱化。幾年前，在市場利好的情況下，為了爭奪產品市場，全國各地一哄而起，相繼建立工廠，盲目跟風上項目，并沒有真正調研過市場，不關注整體市場變化。

在全國600多家工廠化企業中，從事一線生產的技術人員科班出身的不足5%，而95%以上是從土生土長、自學成才的菇農轉型來的。企業管理人員中本科畢業以上不到10%，而相關食用菌院校培養的專業科技人員，主要留在了科研院所從事教學和科研工作。當前在食用菌工廠化生產中比較欠缺的專業人才主要有以下幾類：一是地方食用菌主管部門缺乏熟悉現代食用菌產業的管理人才，使得如何讓農民嵌入工廠化產業體系的問題迄今仍未能很好破題；二是缺乏熟諳現代食用菌產業發展趨勢的管理人才，使得企業在制定發展規劃等問題時理念陳舊、缺乏創意；三是缺乏實戰型技術人才，企業在產品研發和生產過程中技術支撐力量不夠，造成產品質量不穩定、生物轉化率不高等諸多問題。

食用菌產業雖是現代農業的一個典型，但農業弱質產業的定位，決定了企業融資難似乎不可避免。調研中從相關金融和投資機構了解到，以下幾種因素導致了食用菌工廠化企業融資難的問題：一是企業財務制度普遍不健全，信息透明度比較差，信用意識淡薄；二是企業土地、房產等可用于貸款抵押的資產較少，而機器設備變現能力較差，銀行出于風險考慮，對機器設備抵押貸款非常謹慎；三是企業受技術含量不高、競爭能力不強、經營水平較低等諸多因素影響，實際經營利潤率偏低；四是企業抗風險能力弱。食用菌工廠化生產雖相對傳統栽培模式管理更規范、技術更成熟，但受產業鏈上下游影響，始終無法擺脫農業屬性"靠天吃飯"的狀況，企業與農民、合作社、基地利益聯結關系不緊密，造成技術、資源不能共享，風險不能共擔。銀行出于風險管理的理性選擇，形成了對食用菌工廠化企業的"恐貸"和"惜貸"現象。

近年來，隨著我國食用菌工廠化的快速發展，很多企業在技術創新問題上一改過去的"等、靠、要"思想，逐步形成以企業為主體的技術創新體制，取得了長足進步。但在調查中也發現，食用菌企業在技術創新過程中還存在著許多問題，主要表現在：一是企業之間尚未形成良好的技術創新合作機制，難以形成技術創新規模優勢；二是企業技術研發的資金和人員缺乏，研發投入嚴重不足。在資金投入上，60％的被調查企業的研發投入占產值比例小于2％，35％的企業介于2-8％之間，只有5％的企業能達到8％以上水平。從技術人員配置方面看，大多數研發人員來自生產現場的技術人員，只有小部分是真正從事企業技術創新工作的；三是企業高層管理人員對技術創新的認識不夠，行業又缺乏有效的技術創新激勵機制。這些都是造成食用菌工廠化生產中技術創新滯后、成果轉化緩慢的原因。