金針菇在亞洲、歐洲、北美洲、澳洲等地區廣泛分布，其發現及食用歷史起源于唐代。古人所說的“爛構木兩三日即生菇”，就是指金針菇從構木上生長出來。但在當時被叫做小火菇或冬菇、凍菇。
叫小火菇是因為野生金針菇連成一片，外形呈火紅色，像一團正在燃燒的火焰；叫冬菇或凍菇是因為野生金針菇通常在15℃之下才有機會生長。1872年，金針菇由美國真菌學家摩西·阿什利·柯蒂斯（Moses Ashley Curtis）描述并命名為Agaricus velutipes。1947年，德國真菌學家羅爾夫·辛格（Rolf Singer）將金針菇移到了Flammulina屬（金針菇屬），命名為Flammulina velutipes(毛腿冬菇）。Flammulina，是火焰的縮小形，指小火焰菇屬；種名加詞“velutipes”意思是“似天鵝絨的”。金針菇起源于冬菇，中國、日本的冬菇在形態上與歐洲的十分相似，大部分把兩者當作近親，因此該學名一直延續用了80多年。近年來，我國真菌學家楊祝良等研究發現分布于中國的金針菇和歐洲毛腿冬菇是兩個完全不同的物種，因此，給金針菇起了一個新學名“F.filiformis”。金針菇在日本叫做 enokitake,enoki是樸樹的意思，take意思是采摘的蘑菇。英語名稱來自日語，叫 enoki mushroom。
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